Logo univerzity bolo vytvorené ako grafický prepis fragmentu fresky z hrobu Konštantína (sv. Cyrila) v Bazilike sv. Klementa v Ríme. Znak ilustruje historicky dostupnú podobu svätca a je aplikovaný ako znak s ilustráciou osoby Konštantína. Polfigúra držiaca knihu (Bibliu) je umiestnená centrálne v kruhu, z ktorého Konštantín podáva ruku ako priateľské gesto. Logo je doplnené bezserifovým písmom okolo kruhu a piatimi nepravidelnými krúžkami v pravej dolnej časti. Päť krúžkov predstavuje päť fakúlt. Ich počet môže byť zmenený podľa potreby. Autorom je akad. maliar Jozef Dobiš, ktorý nám o vzniku loga porozprával viac.
Logo univerzity je k dispozícii na stiahnutie pre študentov a zamestnancov univerzity, ako aj pre novinársku obec a ostatnú verejnosť. Logo Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre je možné používať len v súlade „s dobrými mravmi“.