Rektorát zabezpečuje hospodársku, administratívnu a prevádzkovú činnosť UKF. Člení sa na útvary priamo riadené rektorom, kvestorom a prorektormi (čl. 8 písm. 2 Organizačného poriadku UKF). Útvarmi rektorátu sú oddelenia, kancelárie a referáty, ktoré sú uvedené v abecednom poradí:
- Finančné oddelenie
- Kancelária kvestora
- Kancelária rektora
- Mzdové oddelenie
- Oddelenie médií
- Oddelenie obstarávania
- Oddelenie pre medzinárodné vzťahy
- Oddelenie pre vedeckovýskumnú činnosť
- Oddelenie projektov
- Oddelenie štipendií
- Oddelenie učtárne a majetku
- Oddelenie vzdelávania
- Personálno-právne oddelenie
- Referát civilnej obrany, bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci a požiarnej ochrany
- Referát kontroly
- Študentské centrum
- Technické oddelenie