Činnosť univerzity sa uskutočňuje v rámci všeobecne záväzných právnych predpisov. V samosprávnej pôsobnosti univerzity a jej fakúlt je vydávať vnútorné predpisy, ktoré sú záväzné pre všetkých zamestnancov a študentov univerzity.
- Vnútorné predpisy univerzity
- Vnútorné predpisy Fakulty prírodných vied a informatiky
- Vnútorné predpisy Fakulty sociálnych vied a zdravotníctva
- Vnútorné predpisy Fakulty stredoeurópských štúdií
- Vnútorné predpisy Filozofickej fakulty
- Vnútorné predpisy Pedagogickej fakulty
V záujme dodržiavania etických štandardov správania vydala univerzita Etický kódex UKF, ktorý je snahou o vyjadrenie niektorých zásad profesijnej etiky, ktoré zaväzujú osoby spojené s univerzitou.
V záujme ochrany práv zamestnancov UKF ako zamestnávateľ uzatvára kolektívnu zmluvu so Základnou organizáciou Odborového zväzu pracovníkov školstva a vedy na Slovensku pri UKF.